Le attività agricole, in particolare la gestione di terreni arabili e prati e degli impianti di stoccaggio del concime aziendale, non devono compromettere la qualità dell'acqua.

Nel Cantone dei Grigioni, l'UAG è responsabile per l'esecuzione della protezione delle acque nell'agricoltura per le aziende aventi diritto a pagamenti diretti. Questo avviene in stretta collaborazione con il servizio cantonale di protezione delle acque dell'Ufficio dell'ambiente (UAMB). Dettagli in merito alla protezione delle acque sono disponibili nell'aiuto all'esecuzione Protezione delle acque nell'agricoltura dei Grigioni e nell'aiuto all'esecuzione Costruzioni rurali e protezione dell'ambiente dell'UFAM.