Das ANU führt auf sieben zentralen ARA die Probenahme und Bestimmung der Covid-19 Virenfracht im Rohabwasser anhand von drei Tagesproben pro Woche durch. Methodisch ist die Aufbereitung der Abwasserproben für die nachfolgende PCR-Analyse herausfordernd. Sie wurde vom Amt für Lebensmittelsicherheit und Tiergesundheit methodisch detailliert mit dem Vorgehen der EAWAG (Eidgenössische Anstalt für Wasser Abwasser und Gewässer) abgestimmt.

Es ist das Ziel, einen möglichst grossen Anteil der Bevölkerung mittels der Abwasserproben zu erfassen. Aus diesem Grund werden die ARA mit den meisten angeschlossenen Einwohnern beprobt. So können rund 104 300 von den total 181 705 ständigen Einwohnern (EW) auf die Ausscheidung von SARS-CoV-2 Gensequenzen überwacht werden. Dies entspricht 57 % der EW im Kanton Graubünden.