L'Archivio cantonale contiene i contratti, gli atti e i libri d'archivio del Governo e dell'Amministrazione cantonale, dei tribunali nonché del Gran Consiglio. Fino al 2012 i documenti venivano archiviati principalmente secondo un sistema complessivo basato sulla pertinenza, ossia secondo ambiti tematici.
Dal 2012 i nuovi fondi vengono ordinati e registrati secondo il principio della provenienza. Anche questi documenti possono risalire a decenni addietro. In alcuni casi è possibile che si sovrappongano cronologicamente ai documenti archiviati secondo il principio della pertinenza.
Oltre agli strumenti di ricerca in PDF indicati qui di seguito in ciascun fondo, il sistema d'informazione dell'archivio permette di fare una ricerca in tutti i fondi disponibili.