Im Rahmen von Vernetzungsprojekten auf der landwirtschaftlichen Nutzfläche werden zwischen dem Landwirt oder der Landwirtin und dem Kanton Bewirtschaftungsverträge abgeschlossen (Biodiversitätsförderung in der Landwirtschaft). In einem Bewirtschaftungsvertrag werden alle Vertragsflächen wie Wiesen, Weiden, Saumstreifen, Hecken, Hochstamm-Obstgärten oder Buntbrachen aufgeführt. Die Vertragsflächen sind geographisch verortet und können auf Plänen dargestellt werden. Der Vertrag gilt für die Dauer des Vernetzungsprojektes (grundsätzlich acht Jahre).
Das Amt für Natur und Umwelt ist bei den Vernetzungsprojekten und somit bei den Bewirtschaftungsverträgen strategisch und inhaltlich involviert. Das Management und die administrative Abwicklung obliegen dem Amt für Landwirtschaft und Geoinformation, da die Vernetzungsprojekte ein Instrument der Direktzahlungsverordnung sind. Ein kleiner Anteil der Beiträge an die Landwirte und Landwirtinnen, der aus den Bewirtschaftungsverträgen resultiert, wird über die Naturschutzkasse finanziert.
Im Sömmerungsgebiet (Allmenden und Alpen) gibt es Bewirtschaftungsverträge mit dem Amt für Natur und Umwelt in Zusammenhang mit Trockenwiesen und -weiden, Flach- und Hochmooren, Auengebieten und allenfalls Amphibien-Laichgebieten. Grundlage dieser Verträge sind in erster Linie das Biotopinventar, in gewissen Fällen auch Beweidungskonzepte. Vertragsnehmende erhalten einen Beitrag, der über die Naturschutzkasse finanziert wird,
- für aufwändig zu pflegende Trockenweiden;
- für das Auszäunen von Moorflächen;
- für das sporadische Mähen von Moorflächen.
Bewirtschaftungsverträge werden auch abgeschlossen mit privaten Personen, die aus Freude eigene Parzellen bewirtschaften, aber nicht direktzahlungsberechtigt sind, mit pensionierten Landwirten und Landwirtinnen sowie mit gewissen Jägersektionen. Sie erhalten für die Pflege von artenreichen Wiesen und Weiden einen kleinen Beitrag aus der Naturschutzkasse.
Primäres Ziel all dieser Bewirtschaftungsverträge ist es, die zahlreichen Biotopflächen aus dem Biotopinventar vertraglich zu sichern und die charakteristische Vegetation mit einer angepassten Pflege zu erhalten. Von einer angepassten Nutzung profitieren viele Tierarten wie Schmetterlinge, Heuschrecken und Wildbienen, die auf solche naturnahen Standorte angewiesen sind.